REPARP

L’objectif principal de ce projet est d’évaluer si l'expression au niveau des tumeurs, non seulement de POLQ/Polθ, mais aussi des protéines du complexe Shieldin et/ou de 53BP1, quantifiée par RNAscope®, immunofluorescence ou immunohistochimie sont corrélées avec la résistance primaire et/ou acquise à un PARPi dans une population de patient(e)s ayant un cancer du sein HER2-neg, localement avancé ou métastatique. Par ailleurs, les niveaux d’expression de ces différentes protéines seront aussi évalués sur les cellules tumorales circulantes de ces mêmes patient(e)s. Nous étudierons également le paysage mutationnel des gènes codant pour différentes protéines impliquées dans la réponse aux dommages à l'ADN (par séquençage de l'exome entier sur des biopsies tumorales et via l'utilisation d'un panel de gènes spécifiques sur l'ADN tumoral circulant).

DESCRIPTION DU PROGRAMME DE RECHERCHE TRANSLATIONNELLE
Etude translationnelle composée de 2 études multicentriques, non randomisées, prospectives dans une population de patient(e)s présentant un cancer du sein HER-2 négatif localement avancé ou métastatique :
- Etude principale menée dans une population de patient(e)s (N=80) éligible à un traitement par PARPi (selon le jugement de l’investigateur) ;
- Etude secondaire menée dans une population de patient(e)s (N=40) en progression sous traitement par PARPi seul.
Les inhibiteurs de PARP ne feront pas l’objet direct de l’investigation de ce projet de recherche translationnelle, ils seront donc administrés selon les modalités décrites dans les Résumés des Caractéristiques des Produits correspondants.

OBJECTIF PRINCIPAL
Etude principale
Evaluer la capacité discriminante de l’expression de POLQ à la Baseline, mesurée par RNAscope® (et éventuellement d’autres techniques si disponibles) dans les biopsies tumorales à identifier les patient(e)s avec un cancer du sein HER2-négatif localement avancé ou métastatique présentant une progression de la maladie ou le décès dans les 6 mois suivant le traitement par inhibiteur de PARP en monothérapie (résistance primaire).

OBJECTIFS SECONDAIRES
 Evaluer :
- Si les niveaux à la Baseline des facteurs de réparation des cassures double brin (DSBs) POLQ/Polθ, complexe Shieldin et 53BP1, indépendamment ou en combinaison sont associés avec :
→ La progression dans les 6 premiers mois de traitement par PARPi = résistance primaire
→ La survie sans progression (PFS), Réponse Objective (OR) et durée de réponse (DOR)
- La cinétique d’expression des facteurs de réparation des DSBs POLQ/Polθ, complexe Shieldin et 53BP1 sous PARPi (à progression versus Baseline) et déterminer si POLQ/Polθ peut agir comme un biomarqueur inductible et une cible thérapeutique à progression et/ou si le complexe Shieldin et/ou 53BP1 peuvent être perdus sous traitement,
- Le lien entre les niveaux modifiés des facteurs de réparation des DSBs POLQ/Polθ, complexe Shieldin et 53BP1 et la résistance secondaire (=acquise)
 Quantifier le marqueur RAD51 dans les cellules tumorales à la Baseline et à la progression en fonction de l’expression de POLQ/Polθ, du complexe Shieldin et de 53BP1
 Explorer à la baseline si l’expression de POLQ/Polθ, complexe Shieldin et/ou 53BP1 peut varier par type et localisation de mutation BRCA1/2
 Etablir une cohorte de patients pour lesquels des biopsies tumorales ou liquides ont été collectées à des fins de recherches translationnelles futures, afin d’identifier d’autres biomarqueurs/mécanismes de résistance primitive et acquise au PARPi.

OBJECTIFS DE RECHERCHE ADDITIONNELS
 Evaluer :
- L’expression/les mutations des gènes de réponse aux dommages à l’ADN (DDR) sur les biopsies tumorales à la baseline, par des analyses de transcriptomique et en Whole Exome Sequencing (WES) et corréler avec la réponse thérapeutique en terme de résistance (primaire et/ou acquise) ou non,
- Le taux de patient(e)s présentant constitutivement avant l’initiation du traitement par PARPi des mutations des gènes de réponse aux dommages à l’ADN sur l’ADN tumoral circulant (ctDNA),
- Le taux de patient(e)s présentant sur l’ADN tumoral circulant (ctDNA) une réversion de la mutation BRCA sous traitement par PARPi en fonction de la quantité de marqueur RAD51,
- Les taux de POLQ, complexe Shieldin et 53BP1 (protéines et ARNm) à Baseline et à progression dans les cellules tumorales circulantes (CTCs).
 Explorer :
- Si la réversion de la mutation BRCA précède ou non l’échec radiologique/clinique du traitement par PARPi,
- Les mutations des gènes de réponse aux dommages à l’ADN (DDR) apparaissant sous traitement par PARPi dans l’ADN tumoral circulant (ctDNA) et les biopsies tumorales.

Etude secondaire
OBJECTIF PRINCIPAL
Décrire dans chaque sous-groupe BRCA (BRCA1 et BRCA 2) le taux de patients présentant une perte du complexe Shieldin et/ou 53BP1 à progression sous traitement par PARPi seul.
OBJECTIFS SECONDAIRES
 Décrire :
- L’expression du complexe Shieldin et 53BP1 dans les biopsies tumorales à progression sous traitement par PARPi seul,
- L’expression/les mutations des gènes de réponse aux dommages à l’ADN (DDR) par des analyses de transcriptomique et WES dans les biopsies tumorales à progression sous traitement par PARPi seul,
- Le taux de patient(e)s présentant sur l’ADN tumoral circulant (ctDNA) des mutations des gènes de réponse aux dommages à l’ADN constitutivement présentes lors de la progression sous traitement par PARPi seul.
 Evaluer le taux d’ARNm et protéines du complexe Shieldin et 53BP1 à progression dans les CTCs.
 Quantifier le marqueur RAD51 dans les cellules tumorales à la progression en fonction de l’expression de POLQ/Polθ, du complexe Shieldin et de 53BP1
 Etablir une cohorte de patients pour lesquels des biopsies tumorales ou liquides ont été collectées à des fins de recherches translationnelles futures, afin d’identifier d’autres biomarqueurs/mécanismes de résistance primitive et acquise au PARPi.

OBJECTIFS EXPLORATOIRES COMMUNS (ETUDES PRINCIPALE ET SECONDAIRE)
 Décrire :
- Le niveau d’expression des facteurs de réparation des cassures double brin (DSBs) POLQ/Polθ, complexe Shieldin et 53BP1 (seul ou associé) dans les biopsies tumorales à progression selon les patient(e)s présentant une résistance primaire ou acquise aux PARPi (progression tumorale pendant ou après les 6 premiers mois de traitement par PARPi, respectivement),
- L’hétérogénéité de schémas d’expression de POLQ/Polθ, complexe Shieldin et 53BP1, à progression, selon le domaine fonctionnel altéré par la mutation délétère gBRCA1/2,
- L’hétérogénéité de l’expression des facteurs de réparation des cassures double brin (DSBs) POLQ/Polθ, complexe Shieldin et 53BP1 dans les biopsies tumorales à progression en fonction des sites métastatiques (foie, poumon, ganglions, etc.).
 Evaluer :
- L’expression/les mutations des gènes de réponse aux dommages à l’ADN (DDR) dans les biopsies tumorales lors de la progression sous traitement par PARPi avec des analyses de transcriptomique et WES et le corréler avec la résistance (primaire ou acquise),
- Le taux de patients présentant sur l’ADN tumoral circulant (ctDNA) des mutations des gènes de réponse aux dommages à l’ADN (DDR) constitutivement présent à la progression sous traitement par PARPi et le corréler avec la résistance (primaire ou acquise),
- L’expression des niveaux d’ARNm et protéines de POLQ/Polθ, complexe Shieldin et 53BP1 à la progression dans les CTCs,
- Toute corrélation entre le type et la localisation des mutations BRCA1/2 et l’expression de POLQ/Polθ, complexe Shieldin et/ou 53BP1